La Empresa Portuaria San Antonio es una empresa autónoma del Estado, Rol Único Tributario N°61.960.100-9, creada por Ley N°19.542, sobre modernización del sector portuario estatal, en calidad de continuadora legal de la Empresa Portuaria de Chile (EMPORCHI). Dio inicio a sus actividades el día 31 de enero de 1998, fecha en la cual fue publicado en el Diario Oficial el Decreto Supremo N° 11/98, del Ministerio de Transportes y Telecomunicaciones, que completó la designación de su primer directorio.
Su único propietario es el Estado de Chile y no participa en la propiedad de otras empresas filiales coligadas. Está dotada de patrimonio propio, su duración es indefinida y se relaciona con el Gobierno a través del Ministerio de Transportes y Telecomunicaciones y del Sistema de Empresas Públicas.